蛋白质序列即氨基酸排列顺序是蛋白质重要的理化性质，对蛋白质种类鉴定以及高级结构预测等具有重要意义。随着生命科学技术的发展进步，先后涌现出了诸多蛋白质测序技术，可以大致将其分为质谱法和非质谱法，非质谱法主要包括Sanger法、Edman降解法、二硝基氟苯法、丹磺酰氯法、肼解法以及羧肽酶法等，其中Edman降解法是最常用的非质谱法。

质谱法和Edman降解法都可以用于蛋白质序列分析，但是二者在分析原理和可以测定的序列区域上具有很大的差别。Edman降解法属于化学方法，是一种针对N末端氨基酸的测序方法，并不需要依赖蛋白数据库便可直接进行数据分析，直接得到氨基酸序列。其通过三个连续的化学反应可以切下一个N末端氨基酸残基，并对该氨基酸进行鉴定，然后将少了一个氨基酸的蛋白质再次进行以上操作，如此循环，每次循环鉴定一个氨基酸残基。但是，末端修饰或封闭的氨基酸不能进行上述化学反应，因此，Edman降解法对N末端修饰或封闭的蛋白质无能为力。Edman测序质量随着检测氨基酸的数量上升而下降，所以通常只用于确定前30-60个氨基酸，其检测长度最多不超过100个氨基酸。因此，Edman测序不能用于进行蛋白全长测序。

质谱法将蛋白消化成5-25个氨基酸的肽，随即通过质谱仪分析检测，将采集的数据与理论序列数据库进行匹配，进而确认N端序列。质谱可以测出封闭和修饰的蛋白质N末端，已成为首选的全长抗体测序方法。相比Edman降解法，质谱法可以实现蛋白质的全长序列分析，还可以用于N末端发生修饰的蛋白质序列分析，打破了Edman降解法的局限性。此外，质谱法还可以进行从头测序，为测定全新的或者没有理论数据库的蛋白质序列提供了解决方法。

卡梅德科技具备优质的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，建立了完善的数据库结合法测序服务，能够为广大客户提供高品质的蛋白质全序列测序服务。鉴于不同的实验需求，我司也为广大科研人员提供Edman降解法测定蛋白N端多达67个氨基酸序列长度。

客户将蛋白产品寄送至卡梅德科技后，卡梅德科技工作人员会先对蛋白样品进行鉴定和片段化处理，我们会选用常用的6种蛋白酶包括Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-，以尽可能得到种类繁多的片段化序列，实现全部蛋白序列覆盖。多肽质谱测序后的序列信息经过PEAKs Studio（蛋白产品）和PEAKs Ab（抗体产品）软件拼接，并加以人工辅助实现正确拼接的蛋白或抗体一级序列。更多信息关于从头氨基酸序列测序，请查阅抗体从头测序服务。

图1 Orbitrap Fusion Lumos质谱仪

Orbitrap Fusion Lumos质谱仪是一台三合一组合型质谱仪，该仪器配置了全新的大气压离子源、先进的四极杆技术、超高场Orbitrap分析器和最新型的双压线性离子阱，是目前比较先进的质谱仪。Orbitrap Fusion Lumos旨在通过先进的性能扩大蛋白质组学、生物制药和代谢组学的应用，包括应用同位素标记定量、低水平P分析、数据非依赖采集（DIA）和自上而下的蛋白质组学研究。由于其卓越的性能和先进的配置可应用于多方面，如高通量蛋白鉴定、大规模蛋白质组学非标记定量分析、蛋白翻译后修饰PTMs分析（如乙酰化、泛素化、磷酸化、糖基化等）以及蛋白质top-down分析等。

-- 新型高灵敏度API接口将高容量离子传输管和电动离子漏斗结合，以提高离子流，降低检测限

-- 先进的主动离子束传输组件可防止中性粒子和高速离子簇进入分离离子的四极杆中

-- 先进的四极杆技术结合高灵敏度和离子传输效率，使选中离子从分离窗口中心穿过

-- 先进的真空技术提高了向Orbitrap分析仪传输高分子量离子的速度

-- 全新的ETD HD—高动态范围ETD显著提升了碎片离子覆盖度

-- 高级峰值测定（APD）大幅增加了特征肽段的识别数量和分析通量

-- MS和MSn的同步离子选择（SPS）实验不仅显著提高识别的多肽和蛋白质数量，还能提高定量分析的准确性

-- 通用方法适用于大部分肽段鉴定，无需针对浓度未知的样品进行方法优化，从而降低了常规肽段鉴定实验中样品和仪器对时间的要求

-- 直观、灵活的拖放式用户界面简化了方法开发，可实现独特而复杂的工作流程