在原核表达系统中，目的基因（即希望在大肠杆菌中表达的基因）与适当的载体（如质粒）连接。载体通常包含一些重要的元件，如启动子、终止子和复制起点等，当含有目的基因的载体被导入大肠杆菌细胞后，这些细胞将在适当的培养条件下生长和繁殖。在细胞生长过程中，启动子将驱动目的基因的转录，产生mRNA，随后进入翻译过程，在大肠杆菌的核糖体上合成蛋白质。

根据不同的表达需求和目标蛋白质的特性，大肠杆菌表达系统可以分为多种类型。其中，常用的类型包括：

1. 质粒表达系统：将外源基因插入到质粒中，通过质粒的复制和表达来实现目标蛋白质的生产。该系统具有操作简便、表达量高等优点，但也可能存在质粒不稳定、表达产物不稳定等问题。

2. 染色体整合表达系统：将外源基因整合到大肠杆菌的染色体中，通过染色体的复制和表达来实现目标蛋白质的稳定生产。该系统具有表达产物稳定、不易丢失等优点，但操作相对复杂，且可能影响到宿主细胞的正常生长和代谢。

3. 融合表达系统：将外源基因与大肠杆菌内源的蛋白质基因进行融合，通过融合蛋白的表达来实现目标蛋白质的生产。该系统具有表达产物易于纯化、稳定性好等优点，但也可能存在融合蛋白的活性降低、表达量不高等问题。

1、 表达水平低：原核表达系统可能无法产生足够的蛋白质，这可能是由于启动子强度不足、密码子偏好性差异、mRNA稳定性差或蛋白质翻译后修饰不足等原因。为了解决这个问题，可以尝试使用更强的启动子、优化密码子使用、提高mRNA稳定性或引入适当的翻译后修饰。 

2、蛋白质不溶性：在原核细胞中，许多重组蛋白质可能以不溶性形式（即包涵体）存在，这可能是由于蛋白质折叠错误、翻译速度过快或缺乏适当的伴侣蛋白等原因。为了解决这个问题，可以尝试降低表达水平、使用融合标签、引入分子伴侣或优化培养条件。 

3、蛋白质降解：在原核系统中，表达的蛋白质可能受到宿主蛋白酶的降解，导致表达水平下降。为了解决这个问题，可以尝试使用蛋白酶抑制剂、引入稳定性增强标签或优化蛋白质结构以增加稳定性。 

4、 毒性问题：某些表达的蛋白质可能对宿主细胞具有毒性，导致细胞生长受阻或死亡。为了解决这个问题，可以尝试降低表达水平、使用条件性表达系统或引入蛋白质毒性降低策略。 

5、内毒素污染：在原核表达过程中，表达的蛋白质可能受到内毒素的污染，这可能对后续的应用产生负面影响。为了解决这个问题，可以采用无内毒素表达系统、使用内毒素去除试剂盒或优化纯化步骤以降低内毒素含量。